miRNA是一类长度在20-25nt的小RNA，它具有5磷酸基团和3羟基，序列高度保守，不易降解，稳定性高，没有蛋白编码潜能，pre-miRNA具有茎环结构，在Dicer酶作用下生成成熟miRNA，具有降解mRNA或者抑制其表达的作用；每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNA也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNA的添加组合来精细调控某个基因的表达。miRNA与其靶基因的进化有着密切的联系,研究其进化历史有助于进一步了解其作用机制和功能。

1、起始量低

2、简单快速（一次切胶）

3、不易降解

4、信息完整

测序平台：Illumina nova6000

测序策略：SE50（单端测序，每端50bp）

数据量：6-10M、15-20M

（具体根据物种基因组大小判断） 人一般推荐10M

研究目的：通过miRNAseq探索肝脏miR-378调控血清总胆固醇水平的作用及机制

样本信息：处于不同甲状腺机能状态下的小鼠肝脏

测序策略：miRNAseq+RNA-seq

结论：小鼠肝脏中miR-378受甲状腺激素正向调控，在小鼠肝脏中过表达miR-378能够显著降低血清总胆固醇水平。miR-378能够调控胆汁酸合成经典途径和旁路途径中关键酶CYP7B1，CYP8B1和CYP27A1的表达，同时增强胆汁酸合成的经典途径和旁路途径，增加胆囊和粪便中胆汁酸水平。胆汁酸合成负调控因子MAFG是miR-378的直接靶基因。

结果展示

sRNA长度筛选

对各样品的clean reads，筛选一定长度范围内的sRNA来进行后续分析。一般来说，动物sRNA的长度区间为18~35nt，植物sRNA的长度区间为18~30nt，sRNA长度分布的峰图可以帮助我们判断sRNA的种类，如miRNA集中在21~22nt，siRNA集中在24nt等。

miRNA表达水平分析

差异miRNA靶基因GO富集分析

有向无环图（Directed Acyclic Graph，DAG）为候选靶基因GO富集分析结果的图形化展示方式，分支代表包含关系，从上至下所定义的功能范围越来越小，一般选取GO富集分析的结果前10位作为有向无环图的主节点，并通过包含关系，将相关联的GO Term一起展示，颜色的深浅代表富集程度。我们的项目中分别绘制生物过程（biological process）、分子功能（molecular function）和细胞组分（cellular component）的候选靶基因DAG图。

差异miRNA靶基因KEGG富集分析

候选靶基因KEGG富集散点图是KEGG富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG富集程度通过Rich factor、Qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。我们挑选了富集前20位的pathway条目在该图中进行展示，若富集的pathway条目不足20条，则全部展示。

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