lncRNA是（long non-coding RNAs）是一类长度大于200nt但不编码蛋白质的RNAs，广泛存在于动植物中。LncRNA组织特异性高，表达量相对较低，存在与胞核、胞质、胞浆等地方，细胞核内的lncRNA通过与DNA、染色质修饰复合体，或者各种转录因子相互作用控制核内基因的表达；胞质lncRNA可作为其他转录本或蛋白质的海绵，或作为蛋白质模板，或调节mRNA的降解和翻译。此外，lncRNA也可以分泌到胞外基质中。大量研究表明，LncRNA参与细胞内多种生物学过程的调控，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA转录后调控和蛋白质翻译调控等，并且参与了各种生理和病理过程的调节。

测序平台：Illumina nova6000

测序策略：PE50（双端测序，每端150bp）

数据量：12G人大小鼠（具体根据物种基因组大小判断）

研究目的：通过lncRNAseq探索食道鳞状细胞癌（ESCC）组织起作用的lncRNAs及其分子机制

样本信息：ESCC癌和癌旁组织，ESCC细胞系KYSE510和KYSE140

测序策略：mRNA-seq+lncRNAseq

结论：在ESCC中发现了一个致癌的lncRNA，LINC00680，通过疏导miR-423-5p来调节ESCC细胞中PAK6（p21-激活的激酶6）的表达,从而发挥ceRNA的功能。LINC00680/miR-423-5p/PAK6轴可能作为ESCC的诊断和预后生物标志物和治疗目标。

生物信息分析流程

差异基因火山图

火山图可直观显示表达差异显著性基因的整体分布情况。

差异基因聚类热图

聚类图是差异表达基因的另一种展示方式，将表达模式相近的基因聚在一起，这些基因可能具有共同的功能或参与到共同的代谢途径及信号通路中。吉凯基因采用主流的层次聚类法，将log10（FPKM+1）值进行转换并进行聚类。聚类结果用热图（heatmap）表示。

GO富集分析

Gene Ontology（简称GO，http://www.geneontology.org/）是基因功能国际标准分类体系。GO可分为分子功能（Molecular Function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分。GO富集分析方法为GOseq，此方法基于Wallenius non-central hyper-geometric distribution，相对于普通的Hyper-geometric distribution，此分布的特点是从某个类别中抽取个体的概率与从某个类别之外抽取一个个体的概率是不同的，这种概率的不同是通过对基因长度的偏好性进行估计得到的，从而能更为准确地计算出GO term被来源基因富集的概率。

KEGG通路富集分析

在生物体内，不同基因相互协调行使其生物学功能，通过Pathway显著性富集能确定候选靶基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是有关Pathway的主要公共数据库。Pathway显著性富集分析以KEGG Pathway为单位，应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在候选靶基因中显著性富集的Pathway。同样的，KEGG通路富集以p value或padj小于0.05为显著富集。

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