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全转录组:对组织或细胞在某一时刻或处理条件下转录出来的所有RNA进行测序分析,主要包含mRNA,miRNA,LncRNA,circRNA等。全转录组通常会涉及到到ceRNA分析,ceRNA(competitive endogenous RNA,竞争性内源RNA)假说,一种RNA间相互作用的新机制,是指所有类型的RNA都可以通过microRNA应答元件(MREs, microRNA response elements)进行相互作用。因而ceRNA的分析核心是miRNA。
(LncRNA+smallRNA两文库)
建两种文库:
1、去rRNA建链特异性LncRNA文库
2、建smallRNA文库
(LncRNA+smallRNA+circRNA三文库)
建三种文库:
3、去线性RNA,建circRNA文库
研究目的:通过miRNAseq及circRNAseq探究circZNF652在调节过敏性气道上皮重塑中的潜在作用和基本机制
样本信息:哮喘患儿支气管肺泡灌洗液及过敏性气道炎症小鼠模型的气道上皮细胞
测序策略:mRNA-seq+circRNA-seq+miRNA-seq
结论:circZNF652在过敏性支气管气道上皮细胞中的表达上调,并通过激活miR-452-5p/JAK2/STAT6信号通路,促进了腺泡细胞化生和粘液分泌。ESRP1可确定为与circZNF652的生物发生有关的潜在RBP。
送样量
全转录组测序
总RNA
两文库:总量≥5μg(一次建库),浓度≥200ng/μl(Qubit的检测浓度,不是NanoDrop的检测浓度)
三文库:总量≥10μg(一次建库),浓度≥200ng/μl(Qubit的检测浓度,不是NanoDrop的检测浓度)
细胞样本
≥3x107个细胞
1、Trizol处理,-80℃保存,干冰运输(推荐)
2、直接液氮速冻,-80℃保存,干冰运输
组织样本
两文库:冻存组织≥800mg,50mg左右分装,尽量切碎组织(切成小米粒和绿豆之间大小)
三文库:冻存组织≥1000mg
1、RNAlater保存(推荐)
血液样本
≥6ml
1)客户自己分离白细胞或有核细胞(推荐)
2)Trizol处理,-80°C保存
3)BD paxgene采血管收集(推荐)
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