RNA-seq机制研究套餐采用了更高级的生信分析数据库Ingenuity Pathway Analysis(IPA)来对RNA-seq测序数据进行分析，IPA所基于的后台是一个高度结构化的ingenuity knowledge base数据库，并且它是一个收费数据库，每年的账号使用费数十万，该数据库经历20年的海量知识数据投入，号称拥有近500名PhD对近700多种权威杂志进行全文阅读，3000多种杂志进行摘要阅读，保存每周更新一次。目前数据库存储了530万条以上的生物实 验发现，150万条互作信息和3万种以上的分子信息；此外，还构建了完整的功能疾病分类数据库，绘制了800种以上的信号通路，代谢通路等，为广 大科研工作者提供及时、准确的生物信息学数据支持。

IPA分析可以解析通路，挖掘基因之间的关系，进而揭示表型变化。其独特的数据库及通路激活/抑制计算方式提供了传统富集分析和GSEA无法替代的优势。可以对基因、蛋白、代谢物、药物和化合物等进行生物学功能和分子调控机理的解读，阐明生物学现象背后的分子机理、挖掘潜在的生物学标志物。

1. IPA的适用范围：人、大鼠、小鼠

2. 输入文件: (差异)基因/蛋白ID/名称、fold change

3. 差异基因个数：最少800个，最多8000个

4. 支持不同类型的数据，例如bulk RNA-seq/scRNA-seq、proteomics等

研究目的：探索胞外RABs在结直肠癌发生中的分子功能

样本信息：215例结直肠腺癌样本

测序策略：mRNAseq及IPA分析

结论：结直肠腺癌患者的RAB3C高表达与晚期病理阶段、远处转移和不良预后明显相关。在小鼠转移模型中，RAB3C高表达的结肠癌细胞的迁移和侵袭能力增加，转移结节增加。RAB3C主表达的细胞中还看到了其他外吞型RAB的上调。IPA分析表明，IL-6途径是RAB3C过表达后其成员表现出基因表达变化的首要途径。用IL-6抗体处理或IL-6敲除阻断IL-6，可明显抑制RAB3C过表达的结肠癌细胞的迁移潜力。RAB3C过量表达会促进肿瘤转移，并与结直肠癌的不良预后有关，其机制可能与RAB3C通过胞吐调节癌细胞释放IL-6的能力以及激活JAK2-STAT3信号通路有关。