在真核生物中，核DNA并不是裸露的，而是与组蛋白结合后压缩形成紧密的染色体高级结构。DNA在复制转录时，需要将DNA的紧密结构打开，这部分打开的染色质，就是开放染色质；开放染色质允许其他调控因子与之结合，这一特性被称为染色质的可及性，染色质的可及性被认为与转录调控密切相关。

单细胞ATAC-seq技术，就是在单细胞水平对细胞染色质开放区域进行检测，获得单个细胞的转录因子调控差异，揭示单个细胞中基因转录活跃的区域，它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势，是目前研究基因表观组学的热门技术。

单细胞ATAC-seq将新鲜抽提出的细胞核通过微流控芯片，形成含有Tn5转座酶、单个bead和单个细胞核的油包水结构，利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域，利用beads和细胞核DNA进行结合，完成单细胞标记，并在后续步骤加上测序引物，进行高通量测序，在单细胞水平研究染色质开放区域

1. 通量高：8个通道微流控系统，每个通道500-10000个细胞核，每次最多可检测80000个细胞核，16通道型号的芯片，一次可以实现16个样本同时上机检测，每个通道最高可以捕获20000个细胞；

2. 捕获率高：细胞核的捕获率超过65%；

3. 成本低：相比其它捕获平台或传统酶切方法，成本大幅度降低；

4. 样本兼容范围广：可以适用细胞系，原代细胞，新鲜样本和冰冻样本等；

5. 信息量大：可以获得所有的染色质开放区域；

6. 结果呈现方便：可以利用10x官方Loupe Cell Browser进行便捷的可视化操作。

研究目的： 用scATAC-seq+scRNA-seq分析骨髓中10种不同免疫表型细胞类型的单细胞染色质可及性图谱及表达图谱；

样本信息：人骨髓CD34+细胞中流式分选的10个不同的免疫细胞群；

核心技术：10x Genomics平台，单细胞ATAC-seq+单细胞RNA-seq；

可及性位点：491,437个；

研究结论： 本研究鉴定了骨髓中10种不同免疫表型的人类造血细胞群的单细胞染色质可及性图谱，并构建了人类造血的染色质可及性景观，以描述分化轨迹；整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，将转录因子与染色质可及性变化联系起来，并通过表达和调控元件可及性的相关性将调控元件与目标基因联系起来，可以在单细胞分辨率下综合探索初级人类组织的复杂调节动态。

细胞分群

差异基因展示

peak分布区间统计

基因富集分析

motif富集分析

共可及性分析

差异footprint分析

单细胞ATAC取测序样：
样本取材后直接擦干，放入防爆裂的管内之后，密封拧紧后浸入液氮，保持30s-1min，之后液氮或者-80°C保存

样本保存时间：
推荐在-80℃冰箱保存不超过3个月，3-6个月可以尝试，>6个月可以风险尝试

单细胞ATAC测序上机要求：
合格后（RIN值>7）继续向下抽核，需要有3-5万干净的细胞核才可以保证1-2次上机（如果抽核以后有很多细胞碎片，需要有30万以上细胞核，才可以通过流式进行碎片去除）