单细胞（RNA+ATAC）测序，可实现同一个细胞核基因表达（mRNA）和染色质开放区域（ATAC）的同时检测，表观遗传学和基因表达谱相结合，单细胞水平同时获取2种分子信息可以更深入地表征复杂的细胞群，捕获细胞异质性，发现驱动细胞分化、发育以及疾病发生的基因调控相互作用，是单细胞多组学研究的有力工具

将样本制备成单细胞核悬液，加入Tn5转座酶对染色质开放区域进行剪切以获得片段化DNA，同时在DNA片段末端添加测序引物，将带有条形码的凝胶珠和单个细胞包裹在油滴中形成GEMs，凝胶珠在油滴内溶解后能够与细胞核裂解释放DNA或者DNA+RNA结合完成单细胞标记。标记完成后，每个样本生成两个互补文库（基因表达文库和ATAC文库），将基因表达和开放染色质图谱准确的链接回同一个细胞。通过一个简单的流程将同一个单细胞的RNA-seq和ATAC-seq的数据相整合，获得转录图谱和染色质景观的一体化视图。

1. 采用鉴定开放染色质区域的转座酶（Tn5）进行染色质可接近性分析（ATAC-seq）以及基因表达分析（RNA-seq），将表观基因组和基因表达分析结合，加深对细胞类型和状态的鉴定；

2. 通过对同一细胞进行直接检测来整合基因表达和表观基因组的数据，无需通过计算机推断两者之间的关系，数据准确，同一个样本获得的信息量更大；

3. 同时鉴定调控元件及其目标基因之间的联系，发现新的基因调控相互作用；

4. 8个通道微流控系统，每个通道500-10000个细胞核，每次最多可检测80000个细胞核，16通道型号的芯片，一次可以实现16个样本同时上机检测，每个通道最高可以捕获20000个细胞；

5. 细胞核捕获率高，可达65%；

6. 样本兼容性好，经过细胞系、原代细胞、冷冻保存样本以及新鲜组织的验证。

研究目的：研究小鼠脊髓成年外胚层细胞的系谱潜力；

样本信息：小鼠脊髓成体室管膜细胞；

测序策略：10xGenomics平台，单细胞（RNA+ATAC）测序；

捕获细胞数：＞4500个细胞；

研究结论： 使用单细胞（RNA+ATAC）测序分析了小鼠室管膜细胞中少突细胞marker的染色质可及性， 评估了其分化为少突胶质细胞的潜能。结果表明，室管膜细胞具有分化成少突胶质细胞的潜能，Olig2在室管膜细胞中的表达可以特异性、诱导性的产生少突胶质细胞，室管膜来源的少突胶质细胞有助于 脊髓损伤后轴突的再髓化和轴突传导功能的改善，揭示了小鼠室管膜细胞在中枢神经系统损伤修复中的作用。

以单细胞转录组为参考预测出的ATAC细胞类型

单细胞（RNA+ATAC）取测序样：

样本取材后直接擦干，放入防爆裂的管内之后，密封拧紧后浸入液氮，保持30s-1min，之后液氮或者-80°C保存

样本保存时间：

推荐在-80℃箱保存不超过3个月，3-6个月可以尝试，>6个月可以风险尝试

单细胞（RNA+ATAC）测序上机要求：

合格后（RIN值>7）继续向下抽核，需要有3-5万干净的细胞核才可以保证1-2次上机（如果抽核以后有很多细胞碎片，需要有30万以上细胞核，才可以通过流式进行碎片去除）