空间转录组是指通过一次实验可得到样本的mRNA表达信息，并且可以比对到相应的H&E染色图像，达到图像化和数字化的高度整合分析。空间转录组学分析可展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域中激活的信号通路， 完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组被广泛用于肿瘤、发育生物学、神经科学等多领域，为肿瘤异质性、肿瘤微环境、复杂疾病的机制解析提供新的见解。

空间转录组的核心在于独特的捕获芯片，正式文库构建的芯片上有4个捕获区域（6.5mm X6.5mm，可以加4个样本），每个捕获区域含有约5000个被条形码标记的点（barcoded spots），每个spot直径55μm，spot与spot中心点之间的距离为100μm，每个spot含有上百万个可以与mRNA结合的捕获探针，每个探针上都带有独特的spatial barcodes，用以标记捕获的mRNA的空间位置。

10x visium空间转录组测序目前可以支持OCT样本和FFPE样本，OCT样本质检合格以后，将组织切片贴到10x玻片的捕获区域，然后进行固定，用已经摸索好的透化条件进行透化，释放出细胞中的RNA，释放出的RNA直接与玻片上的RNA捕获探针结合后，进行扩增建库测序，获取组织的基因表达信息。

样本收集灵活：可以用OCT包埋样本，可长期储存;

分辨率高：每个捕获区域有5000个mRNA捕获点；

时效性高：实现远程全息数字切片扫描实时交流；

样本兼容范围广：大部分人、大/小鼠组织都可以建库；

专业的组织透化方案：OCT样本通过荧光强度和RNA扩散程度确定最佳组织通透时间；

结果可验证性强：当前常用的实验手段，比如免疫荧光等可轻松验证实验结果。

研究目的：运用单细胞RNA测序和空间转录组学探讨肠道形态随时间变化的特征

样本信息：胚胎肠道样本（不同的发育时间点和组织位置）

测序策略：10xGenomics平台，单细胞测序（scRNA-seq）+单细胞空间转录组（ST）

捕获细胞数：17,622个细胞

结论：确定了101个细胞状态，包括上皮和间充质祖细胞群以及与关键形态发生学相关的程序，描述了隐窝-绒毛轴的形成，神经、血管、间充质的形态发生以及发育中的肠道免疫群体。确定了发育为成纤维细胞和成肌纤维细胞亚型的分化层次及其功能，揭示了Peyer斑和肠道相关淋巴组织（GALT）的起源，并描述了特定于位置的免疫程序。

质量控制

这里通过Number of Genes，Total Counts，Percentage of Mitochondrial Counts对每个样本的质控指标进行统计，由于空间转录组的特殊性（重点关注切片染色基因的表达分布），不对spot点进行过滤。

Spot分群

Spot分群是依据基因表达量对spot进行分类的过程，spot分群是后续各种研究的基础。

标志基因发现和富集分析

标志基因发现是指通过差异分析计算特定群高表达基因的过程。

富集分析是寻找上述高表达基因富集的通路的过程。

特征评分

特征评分是指基于特定基因集计算该基因集在不同群的表达情况。

1. 新鲜组织直接OCT包埋后干冰速冻，注意标明样本的方向，于-80℃保存，干冰寄送；

2. 样本处理和运输过程需要在低温环境，OCT包埋样本干冰运输；

3. 如果样本充足，建议准备≥2份样本，一份用于RNA质控和正式切片实验，一份留作备用。

吉凯承接过的部分空转样本