N7-甲基鸟苷(m7G)是一种最常见的RNA表观修饰,常位于真核生物mRNA的5’帽和内部位置,或所有物种的rRNA和tRNA内部。mRNA的5'帽子结构中的甲基化修饰是真核生物mRNA中最常见的修饰方式。m7G帽子结构能结合翻译起始因子EIF4F,促进mRNA翻译, 而且还能防止mRNA被细胞内的核酸外切酶降解。m7G修饰通过影响各种RNA分子的代谢,包括mRNA、tRNA、microRNA和核糖体RNA。 越来越多的证据表明,m7G在人类疾病的发展中发挥着关键作用。METTL1-WDR4复合体可将m7G加到tRNA和一部分mRNA内部。目前已有基于抗体和化学方法的m7G检测技术(m7G-MeRIP-Seq和m7G miCLIPSeq)。得益于这些技术,mRNA内部的m7G被认为与翻译相关。
GO(Gene ontology)是国际通用的基因功能分类体系,按照基因的细胞成分(cellular component)、分子功能(molecule function)以及生物过程 (biological process)分为3类。进行GO富集能够看到样本在这三大类中的基因分布情况,也可以用于对目标功能的基因的聚集。通过计算数据集的超几何分布,得出基因富集对应GO terms的排序。
随着科学研究的发展,科学家们发现不同的基因间存在着相互作用关系。这些基因相互协调,发挥其生物学功能,展现出生物学现象。针对这一现象,科学家们分门别类的制定出各种pathway。较为著名的有KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库。
样本量
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m7G RNA甲基化修饰测序 |
RNA |
总量≥300μg,浓度≥150ng/μl,纯度OD260/280在1.8-2.2之间,OD260/230≥2,RIN值≥7.5,28s:18s≥1(Qubit检测浓度,不是NanoDrop的浓度检测) |
细胞样本 |
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组织样本 |
采样建议
一、贴壁细胞
1. 取出贴壁生长细胞,显微镜下观察细胞,确定生长状态良好;
2. 加入3ml的1×PBS(RNase-free 水配制)悬起细胞沉淀,300g离心5min,弃 PBS, 洗 2 次;
3. 加入适量裂解液反复吹打至裂解充分; 参考用量:1mL TRIzol 裂解 106 细胞,最多107细胞;
4. 为确保实验的顺利,建议样品备份2~3 份;
5. 转移至尖底离心管中,-80°C长期保存或通过干冰运输寄出。
二、悬浮细胞
1. 选取生长状态良好的细胞悬液;
2. 200g离心5min,得到细胞沉淀弃培养基;
3. 加入3ml的1×PBS(RNase-free 水配制)悬起细胞沉淀,200g 离心 5min,弃 PBS,洗 2 次;
4. 加入适量细胞裂解液反复吹打至裂解充分;参考用量:1mL Trizol 裂解 106 细胞,最多107细胞;
5. 为确保实验的顺利,建议样品备份2~3 份;
6. 转移至尖底离心管中,-80°C长期保存 或通过干冰运输寄出。
三、组织样本
1. 选取新鲜的动物组织,取材后用RNase-free 配制的生理盐水/PBS 进行漂洗,去除血渍和污物,并剔除结缔组织等非研究组织;
2. 在冰上将样品分割成50mg 左右的小块,以防止样品降解,然后放置于细胞冻存管或 1.5ml EP 管中;
3. 所有动物组织样品取材后立即用液氮速冻≥1h,然后转移至-80°C冰箱中保存;
4. 为确保实验的顺利,建议样品备份2~3 份;
5. 然后将组织样品置于密封性好的塑料袋中,用胶布缠到冰袋上,并在泡沫盒中装入足量的干冰进行运输。
注意事项:
1. 细胞必须裂解充分后再寄送,勿将干冻的细胞直接寄送,因为细胞冷冻的过程中冰晶很容易刺破细胞,此时破碎的细胞会释放内源性RNAse,从而降解 RNA;
2. 细胞裂解是否充分很关键,细胞裂解充分的标志:细胞与裂解液的混合物形成清亮不粘稠的液体,且没有细胞团块残留,如果细胞样品始 终粘度很大,说明该细胞样品仍未裂解充分,此时应继续补加裂解 液,以 100ul 为梯度进行补加,直到样品完全裂解充分;
3. 细胞样品勿用胰酶消化,胰酶会消化细胞膜上的膜蛋白,导致细胞破裂,破裂的细胞会释放RNase 导致 RNA 降解。
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