细胞样本在甲基化研究,尤其是临床方向的研究中,是最为主要的样本来源。对于细胞样本来说,重点是注意选择好处理组(treat)与对照组(control)细胞样品,对其分别进行全基因组DNA提取,用于后续RRBS分析研究。
组织样本在进行甲基化研究时,重点需要参考老师的研究课题。由于表观遗传学具有显著的组织特异性,不同组织细胞间甲基化状态可能会有巨大差异:
①在动物组织样本中,若老师主要研究的是某一器官的甲基化水平,最好针对该器官进行取样,注意选取处理组和对照组样本;
②在临床样本中,对临床组织的甲基化研究必须选择相对应的肿瘤组织与癌旁组织(由于人类健康组织样本很难获得,常选用癌旁组织模拟健康样本),或者是肿瘤组织与正常尸检样本;
不建议采用健康人血液作为肿瘤样本的对照,因为肿瘤具有组织特异性,血液样本无此特征,可能无法筛选到特异性差异甲基化基因,目前也几乎没有相关文献采用该种取样方法进行RRBS研究。
由于血液样本不具有组织特异性的特点,在针对某种特异疾病或癌症的研究时,相较于组织样本来说,可能筛选到的差异DMR较少,特异性差,研究针对性弱。若老师选择血液样本进行甲基化研究,患者及健康人样本均需要选取血液样本,不建议将其与组织样本进行对照研究。
对于FFPE样本,公司不接蜡块,需要老师提供FFPE切片,切片的面积要求为200mm2,厚度要求5-10μm(最少不少于4μm),建议提供10片以上切片,走低起始量甲基化建库。目前该类型样本项目经验不多,有一定的风险。
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