1.快：尽快洗净或处理，处理后尽快冷冻。细胞可以直接用Trizol裂解后冷冻，组织洗净后、分小块后直接冷冻。（RNA Later®有帮助，注意组织要薄或小）

2.低温：先浸入液氮，数小时后再放入-70或-80度超低温冰箱更佳。超低温冰箱可以保存数月至一年，-20度不宜久存

3.避免温度波动：一台经常开关门，温度上下波动的-80度冰箱，可能还不如一台稳定在-40度的冰箱。

4.其他：推荐进口冻存管，标签冷冻后容易破碎，不如自己记号笔标记。

常规建议：

1.均一的样本：如细胞系，处理vs不处理，各3～4/组

2.较均一的样本：如成系的动物，处理vs不处理，各5～8/组

3.不均一的成对样本：如多例病人，同一人的癌和癌旁，～20/组

4.不均一的不成对样本：如多例病人组织vs正常人组织。～40/组

由于外显子测序有杂交捕获的过程，这样就会涉及捕获效率。各外显子的杂交效率不同，其同源竞争的情况也不同，所以不同的外显子的覆盖率存在差异。一般情况下，外显子测序不能用于CNV的检测，但在癌症研究中，利用癌组织和癌旁组织对照，可以检测somatic CNV。

注释基因的多少跟所研究的物种直接相关，如某些比较重要的物种基因研究的比较多，功能也比较清楚，注释得到的基因就会很多；反之则会比较少。

有必要，至少需要两次生物学重复，3次以上的生物学重复更好。2011年7月Hansen发表的文章表明生物学差异是基因自身表达的特性，与检测技术的选择以及数据处理的方式无关。如果不设生物学重复，高影响因子的杂志可能会因此而拒稿。

2-DGE是伴随着MALDI-TOF技术发展起来的蛋白质分离技术，理论上可以通过等电点(IEF)和分子量(SDS-PAGE)的差异将总蛋白质逐一分开，实际情况并不理想，因为低丰度蛋白无法染色成功而看不见，蛋白翻译后修饰后偏离理论位置等等，一张2-DGE能鉴定到的蛋白质总数最多～2000蛋白。而iTRAQ是伴随LC-MS/MS技术发展起来的蛋白质组定量技术，不用做双向电泳，同时可以克服2-DGE无法鉴定低丰度和修饰蛋白干扰的情况，一针即可鉴定～2000左右的蛋白(1.5hr)，分组分后，依据不同物种的情况有所差异，一般来说细胞或组织样本iTRAQ定量可以获得4000～6000个定量蛋白。

iTRAQ的优势不仅仅在于定量蛋白质组的数量，还在于单次实验可以同时做4～8个样本，降低仪器的系统误差，保持高通量定量能力。一般的定量蛋白质组实验，iTRAQ优势远远大约2-DGE，属于两个时代的技术。

优先建议做3次实验重复，符合一般的文章对实验数据的要求，不建议使用两重复或只做一次，可能引起审稿人和编辑的质疑。

技术重复一般和上机重复非常类似，即上质谱的重复，即测试仪器的稳定性，判断系统误差等问题。这一说法主要和质谱仪器的发展进程相关，早期的仪器不是很稳定，同一个样本上机3次，结果差异较大，当前的上机重复仍然在一些JPR和MCP文章中可见，即沿用了早期的习惯。而应用型的文章中，上机重复或技术重复一般没有硬性规定，可以不做，如果做了当然最好，editor就不会再此处找你的问题。