主要特点包括三方面：

一、基因和蛋白表达的有效的微小变化会在代谢物上得到放大，从而使检测更容易；

二、代谢组学的技术不需建立全基因组测序及大量表达序列数据库；

三、因为代谢产物在各个生物体系中都是类似的，所以代谢组学研究中采用的技术更通用。

代谢组学基于多元统计分析方法进行的，在样品准备上相对于转录组和蛋白质组而言需要更多的重复数据。一般建议植物样品：最少6次，建议8次生物学重复；

模式动物及微生物样品：最少8次，建议10次生物学重复；

临床样品：30次生物学重复以上，如组织样品不好取样，可控制在20次重复以上。

GC-MS数据库：Nist、feihn；

LC-MS数据库：HMDB、Metlin、自建库

代谢组学主要通过对机体内小分子代谢物进行精准定性定量，并分析代谢物与机体的生理、病理变化的关系，以达到研究疾病的发生、发展，寻找疾病生物标记物（biomarkers）和疾病早期预测、诊断等目的。代谢组学在医学研究中具有重要作用和广阔的发展前景，主要应用方向在以下方面：生物医学、精准医学与早期预测、营养、药物理论研究、植物学研究、细胞、微生物学研究。