2-DGE是伴随着MALDI-TOF技术发展起来的蛋白质分离技术，理论上可以通过等电点(IEF)和分子量(SDS-PAGE)的差异将总蛋白质逐一分开，实际情况并不理想，因为低丰度蛋白无法染色成功而看不见，蛋白翻译后修饰后偏离理论位置等等，一张2-DGE能鉴定到的蛋白质总数最多～2000蛋白。而iTRAQ是伴随LC-MS/MS技术发展起来的蛋白质组定量技术，不用做双向电泳，同时可以克服2-DGE无法鉴定低丰度和修饰蛋白干扰的情况，一针即可鉴定～2000左右的蛋白(1.5hr)，分组分后，依据不同物种的情况有所差异，一般来说细胞或组织样本iTRAQ定量可以获得4000～6000个定量蛋白。

iTRAQ的优势不仅仅在于定量蛋白质组的数量，还在于单次实验可以同时做4～8个样本，降低仪器的系统误差，保持高通量定量能力。一般的定量蛋白质组实验，iTRAQ优势远远大约2-DGE，属于两个时代的技术。

优先建议做3次实验重复，符合一般的文章对实验数据的要求，不建议使用两重复或只做一次，可能引起审稿人和编辑的质疑。

技术重复一般和上机重复非常类似，即上质谱的重复，即测试仪器的稳定性，判断系统误差等问题。这一说法主要和质谱仪器的发展进程相关，早期的仪器不是很稳定，同一个样本上机3次，结果差异较大，当前的上机重复仍然在一些JPR和MCP文章中可见，即沿用了早期的习惯。而应用型的文章中，上机重复或技术重复一般没有硬性规定，可以不做，如果做了当然最好，editor就不会再此处找你的问题。

目前常见的定量蛋白质组方法有iTRAQ、SILAC、label-free和DIA。其中最流行的是iTRAQ定量蛋白质组方法，该方法不依赖样本，可以做任意样本的总蛋白质的差异定量，而且定量准确，这个层次上label-free虽然也可以做任意样本，但是定量准确度难以保障。SILAC是仅仅适合细胞层次的蛋白质组定量，组织的定量需要摸索或者前人已经摸索的模式，中途测试新组织难度较大，极易失败，细胞层次的SILAC培养费用高昂，不适合做商业化。DIA是目标蛋白质组相关的定量模式，DIA可以完成数千种蛋白的定量，准确度极高，对于亚细胞结构、细菌、真菌、细胞分泌物等样本，DIA效果非常好。DIA本身对物种没有偏向性，也是目标蛋白定量的一种，定量结果准确，发文章更具有说服力。

因为当前大量的物种已经测序，预测了相应的基因，未测序的物种可以通过近缘物种的基因序列作为数据库进行蛋白质组的研究。因此，一般来说，未测序物种可以考虑近缘物种的基因组序列作为数据库，可以做蛋白质组。

蛋白组学作为一个研究热点，文章数越来越多，通过分析大量的文献，我们也发现了一些规律：

1、综合型转化医学研究平台。研究领域涵盖BioMarker筛选与功能机制验证、检测试剂盒开发、靶向药物开发、细胞免疫治疗、海量样本库管理等。目前公司成立了院士专家工作站，旨在打造一个“科技创新、产品研发、人才汇聚”的高新技术企业。

2、技术路线成熟、平台丰富。包括蛋白质组学、基因组学、基因芯片、生信分析、基因编辑、载体构建、细胞功能、动物模型、GMP级载体生产车间、免疫治疗临床研究等。

3、合作客户众多，口碑积累多年。公司成立14载，已经与全国超过500家三甲医院深入合作，南京地区包括南京医科大学及各附属医院，南京大学及其附属医院等。仅2015年与医院客户合作发表SCI论文850篇，历年总影响因子合计9500分。

4、实验平台拥有精度最高的Thermo QE质谱仪，效果最稳定的安捷伦HPLC，经验丰富的实验操作团队（来自中科院），业内顶尖的生信分析团队（多位海归），鉴定到的蛋白质组中，吉凯可以注释出其中的99%（国内水准为70-80%），是国内少数能将蛋白质组学数据与临床病理信息进行深入分析的团队。

5、如果想做药靶，研究功能机制，可以接着做IPA分析、跨组学联合分析、多靶点细胞功能验证、体内验证等；如果想做诊断标志物，可以做大样本量BioMarker验证。